跑步时脚背疼痛可能是由于肌肉拉伤、足部结构异常或应力性骨折等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1. 肌肉拉伤跑步时脚背疼痛可能是由于脚背肌肉过度拉伸或撕裂导致的。这种情况下，可以采取休息、冷敷和抬高受伤部位等措施，同时可以服用非甾体抗炎药如布洛芬、双氯芬酸钠和依托考昔等缓解疼痛和肿胀，应在医生指导下用药。
2. 足部结构异常扁平足、高弓足等足部结构异常也可能导致跑步时脚背疼痛。这种情况需要定制矫形鞋垫或矫形鞋，以改善足部受力分布，缓解疼痛。
3. 应力性骨折长期跑步、运动量过大或地面过硬等因素可能导致脚背应力性骨折，从而引起疼痛。这种情况下需要及时就医，必要时可能需要石膏固定或手术治疗。同时可以服用钙剂、维生素D和双膦酸盐等药物促进骨折愈合，应在医生指导下用药。
除以上原因外，还可能与跑步姿势不正确、鞋子不合适等因素有关。跑步时应选择专业跑鞋，保持正确的跑步姿势，必要时可以咨询专业教练。如疼痛持续不缓解，应及时就医，以免延误病情。