通常，枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊不建议长期服用。这种药物主要用于调节肠道菌群平衡，改善消化不良等症状。一般情况下，根据病情需要短期使用，以帮助恢复肠道正常功能。
在治疗肠道菌群失调时，枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊与其他益生菌制剂如乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等联合使用，可以增强疗效。但需注意，任何药物都应在医生指导下使用，以避免不良反应或药物相互作用。长期服用可能会导致肠道菌群过度依赖外来补充，反而不利于肠道自身菌群的恢复和平衡。
因此，在使用枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊时，应严格遵照医嘱，根据病情调整用药方案，避免不必要的长期用药。