通常，血栓通注射液在使用过程中可能会有副作用。这种药物的副作用因人而异，有些人可能会出现轻微的反应，而其他人可能会有更严重的不适。
血栓通注射液的常见副作用包括注射部位疼痛、红肿等局部反应，以及可能的过敏反应如皮疹、瘙痒等。较为罕见但严重的副作用可能包括过敏性休克、呼吸困难等。在实际使用中，如丹参注射液、红花注射液和川芎嗪注射液等中药注射液也可能存在类似的副作用，应在医生指导下使用，严格按照医嘱进行用药，以降低副作用的风险。
使用血栓通注射液时，患者应密切注意身体反应，一旦出现不适症状应立即就医，并告知医生正在使用的药物，以便得到及时和正确的处理。