正庚烷通常被认为是有毒的。它是一种无色、易挥发的液体，吸入后对人体有害，尤其是对中枢神经系统和呼吸系统有影响。
正庚烷的毒性主要体现在其对神经系统的抑制作用，长期暴露可能导致头痛、眩晕、恶心等症状。此外，正庚烷还可能引起皮肤刺激和呼吸道刺激。在处理正庚烷时，应避免直接接触，并在通风良好的环境下操作。若不慎接触，应立即用肥皂和水清洗受影响的皮肤，并寻求医疗帮助。在治疗过程中，可能需要使用解毒药物如活性炭、纳洛酮和氟马西尼等，但这些药物的使用应在医生指导下进行。
在使用正庚烷或任何可能含有正庚烷的产品时，应始终遵循安全操作规程，并在必要时佩戴适当的个人防护装备。