通常，多重耐药菌的治疗周期因个体差异和感染的严重程度而异，可能需要数周至数月的时间。治疗的持续时间取决于多种因素，包括感染部位、细菌种类、患者的免疫状态以及所使用的抗生素种类和剂量。轻症感染可能在几周内得到控制，而复杂或重症感染可能需要更长时间的治疗。
在治疗多重耐药菌感染的过程中，医生会根据患者的反应和感染的改善情况调整治疗方案。治疗初期可能使用广谱抗生素，随后根据细菌培养和药敏测试结果，调整为更针对性的抗生素。此外，治疗期间需要密切监测患者的病情变化，以确保药物的有效性和安全性。
对于多重耐药菌感染，日常建议包括保持良好的个人卫生习惯，避免与感染者密切接触，以及在医生指导下合理使用抗生素。就医时，患者应如实告知医生自己的症状和用药史，以便医生制定合适的治疗方案。在治疗过程中，患者应严格遵医嘱用药，不可自行停药或更改剂量，以免导致耐药性增加或病情反复。