通常来说，粪肠球菌较屎肠球菌更难治。粪肠球菌对多种抗生素具有较高的耐药性，包括某些β-内酰胺类抗生素，这使得治疗过程更为复杂。相比之下，屎肠球菌虽然也有一定的耐药性，但通常对某些抗生素的反应较好，治疗起来相对容易一些。
粪肠球菌的耐药性可能与其能够产生多种酶类有关，这些酶可以破坏抗生素的结构，降低其效果。此外，粪肠球菌还可能通过改变细胞壁的通透性来减少抗生素的进入，进一步增加了治疗的难度。而屎肠球菌虽然也存在耐药问题，但耐药谱相对较窄，对一些常用的抗生素仍有较好的敏感性。
针对肠球菌感染，日常生活中应注意个人卫生，避免接触污染源。一旦发生感染，应及时就医，并在医生指导下使用抗生素。不可自行盲目用药，以免加剧耐药性问题。