通常在饭后半小时到一小时内服用益生菌效果较好。这个时间段，胃中的胃酸浓度相对较低，有利于益生菌顺利通过胃酸环境，到达肠道发挥作用。
益生菌的主要作用是调节肠道菌群平衡，改善肠道功能。饭后服用，可以减少胃酸对益生菌的破坏，提高益生菌的存活率。同时，食物残渣可以为益生菌提供一定的营养，促进其生长繁殖。此外，饭后服用益生菌，还可以减少空腹时胃肠道的不适感。
对于需要长期服用益生菌的患者，建议在医生指导下合理用药，遵医嘱按时按量服用。平时要养成良好的饮食习惯，多吃富含膳食纤维的食物，保持肠道健康。如出现不适症状，应及时就医，以免延误病情。