男性生殖器官长软疣可能是由于病毒感染、皮肤刺激或免疫系统异常等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.病毒感染
生殖器疣通常与人类乳头瘤病毒（HPV）感染有关：干扰素α、阿昔洛韦、咪喹莫特等药物可用于治疗HPV引起的疣状病变，应在医生指导下用药。
2.皮肤刺激
长期的皮肤摩擦或潮湿环境可能导致局部皮肤受损，形成软疣：局部保持干燥清洁，避免过度清洁造成皮肤屏障受损。
3.免疫系统异常
免疫系统功能低下可能导致疣状病变的发生：增强免疫力，如通过合理饮食、适量运动等方法，必要时可在医生指导下使用免疫调节剂。
除以上原因外，还可能与遗传因素、荷尔蒙水平变化等因素有关，建议保持个人卫生，避免不安全性行为，并定期进行健康检查。