肛门隐隐疼可能是由于痔疮、肛裂或肛周脓肿等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1. 痔疮长期便秘或久坐导致直肠静脉丛充血扩张，形成痔疮，可能引起肛门疼痛。治疗痔疮可以使用复方角菜酸酯栓、马应龙麝香痔疮膏和地奥司明片等药物，应在医生指导下用药。
2. 肛裂排便时用力过度导致肛管皮肤撕裂，形成肛裂，可出现肛门疼痛。治疗肛裂可以使用硝酸甘油软膏、复方利多卡因乳膏和双氯芬酸钠栓等药物，遵医嘱用药。
3. 肛周脓肿细菌感染导致肛周组织化脓性炎症，形成脓肿，可引起肛门疼痛。治疗肛周脓肿需使用头孢类抗生素如头孢克洛、头孢呋辛和头孢曲松等药物，同时可能需要手术治疗，应在医生指导下综合治疗。
除以上原因外，还可能与肛管直肠炎、肛管肿瘤等因素有关。平时应保持大便通畅，避免久坐，注意肛周卫生。如肛门疼痛持续不缓解，应及时就医检查，明确病因，对症治疗。