紧急避孕药和短效避孕药在避孕原理和使用方法上存在明显差异。通常，紧急避孕药用于无保护性行为后的紧急补救措施，而短效避孕药则适用于日常避孕。
1. 使用时机紧急避孕药通常在性行为后72小时内使用，而短效避孕药则需要每天定时服用。
2. 避孕效果紧急避孕药的避孕效果通常低于短效避孕药，短效避孕药的避孕率可达99%以上。
3. 副作用紧急避孕药由于激素剂量较高，可能引起月经不规律等副作用，而短效避孕药的副作用相对较小。
紧急避孕药和短效避孕药的选择应根据个人情况和需求进行。如果需要紧急避孕，应在性行为后尽快服用紧急避孕药。对于长期避孕，建议咨询医生，选择合适的短效避孕药，并按照医嘱规律服用。同时，保持良好的生活习惯，定期进行妇科检查，以维护生殖健康。