小便时尿道疼痛可能是由于尿道感染、结石或者性传播疾病等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.尿道感染
尿道感染常由细菌引起，如大肠杆菌等，导致尿道黏膜发炎，产生疼痛感。治疗尿道感染常用的药物有左氧氟沙星、头孢克肟和阿莫西林等，应在医生指导下用药。
2.结石
尿道结石是尿道疼痛的常见原因之一，结石划伤尿道黏膜，引起疼痛。治疗尿道结石常用的药物有罗格列酮、非布司他和别嘌醇等，同时需要大量饮水，促进结石排出。
3.性传播疾病
部分性传播疾病如淋病、衣原体感染等，可引起尿道炎症，导致疼痛。治疗性传播疾病常用的药物有阿奇霉素、多西环素和头孢曲松等，应在医生指导下用药。
除以上原因外，还可能与前列腺炎、尿道损伤等因素有关。平时要注意个人卫生，避免不洁性行为，多饮水，及时排尿。如疼痛持续不缓解，应及时就医，明确诊断，对症治疗。