水苏糖一般没有明显的副作用。作为一种天然存在的低聚糖，水苏糖在人体内不被消化酶分解，因此可以直接到达大肠，被肠道中的益生菌利用，有助于改善肠道菌群平衡。通常，水苏糖被认为是安全的，但在个别情况下，可能会引起轻微的胃肠不适，如腹胀或腹泻。
水苏糖的副作用相对较轻，且不常见。在实际应用中，水苏糖被广泛用作益生元，以促进肠道健康。例如，低聚果糖、低聚半乳糖和低聚木糖等都是与水苏糖类似的益生元。这些物质在适量摄入时，通常不会引起严重的健康问题，但每个人的反应可能不同，因此应在医生指导下使用或遵医嘱。
在选择使用水苏糖或任何益生元时，应注意个人体质差异，并在专业医疗人员的建议下进行。