通常，甲状腺穿刺活检是一种相对安全的诊断程序，但任何医疗操作都存在一定的风险。这种风险包括感染、出血、疼痛和对周围组织的损伤。尽管这些并发症并不常见，但它们是可能发生的。
在进行甲状腺穿刺活检时，医生会使用细针抽取甲状腺组织样本。常见的风险包括局部感染，这可以通过抗生素预防和治疗；出血，通常轻微且自限；以及穿刺过程中的疼痛，可以通过局部麻醉来控制。此外，尽管罕见，但穿刺可能导致甲状腺功能异常，如甲状腺功能亢进症或减退，这需要通过药物如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶和左甲状腺素钠来调整。所有这些药物都应在医生的指导下使用。
进行甲状腺穿刺活检时，患者应充分了解可能的风险，并与医生讨论任何疑虑。医生会根据患者的具体情况评估风险与收益，并提供个性化的建议。