肚子在凌晨咕咕叫可能是消化不良、胃肠功能紊乱或食物不耐受等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.消化不良如果晚餐吃得过饱或食物难以消化，可能导致胃肠道负担加重，进而引发肚子咕咕叫。治疗消化不良可以采用多酶片、复方消化酶胶囊和健胃消食片等药物，应在医生指导下用药。
2.胃肠功能紊乱生活不规律、精神压力大等因素可能引起胃肠功能紊乱，导致肚子咕咕叫。改善胃肠功能紊乱可以服用马来酸曲美布汀片、多潘立酮片和莫沙必利片等药物，遵医嘱用药。
3.食物不耐受对某些食物成分不耐受，如乳糖不耐受，也可能导致肚子咕咕叫。针对食物不耐受，可以采取避免摄入不耐受食物、服用益生菌制剂等措施，必要时在医生指导下使用药物。
除以上原因外，还可能与肠道菌群失调等因素有关。平时应注意饮食规律，避免暴饮暴食，如症状持续不缓解，应及时就医。