羊水穿刺术通常被认为是一种相对安全的产前诊断程序，但和所有医疗程序一样，它也存在一定的风险，这些风险包括感染、出血、羊水泄漏、流产或胎儿损伤等，尽管这些并发症的发生率相对较低。
进行羊水穿刺术时，医生会使用超声波引导针头穿过腹部和子宫壁，抽取少量羊水样本。可能的风险包括羊膜腔感染，这可能由细菌引起；出血，通常轻微且自限；羊水泄漏，可能导致早产；以及流产或胎儿损伤，这些是最严重但也是罕见的并发症。例如，利多卡因、地塞米松和硫酸镁是可能用于减轻疼痛或预防早产的药物，但它们的使用应在医生指导下进行。
对于考虑进行羊水穿刺术的孕妇，重要的是与医生充分沟通，了解个人风险和潜在收益，并在医生的建议下做出决定。