发烧时眼睛疼痛可能是由于感冒、结膜炎、角膜炎等原因引起的，建议及时就医，根据原因做针对性的改善。
1.感冒感冒是引起发烧和眼睛疼痛的常见原因。感冒时，病毒或细菌侵入人体，导致免疫系统反应，可能引起眼睛疼痛。治疗感冒时，可以使用对乙酰氨基酚、布洛芬、阿司匹林等解热镇痛药缓解症状，同时注意休息和补充水分。
2.结膜炎结膜炎是眼睛结膜发炎引起的眼部疾病，可能伴有发烧和眼睛疼痛。结膜炎的治疗需要使用抗生素眼药水或眼膏，如氯霉素、新霉素、庆大霉素等，同时注意眼部卫生，避免用手揉眼。
3.角膜炎角膜炎是角膜发炎引起的严重眼部疾病，可能伴有高烧和剧烈眼痛。角膜炎的治疗需要使用抗生素或抗病毒眼药水，如氟康唑、阿昔洛韦、更昔洛韦等，同时需要使用糖皮质激素眼药水减轻炎症反应。角膜炎需要尽早就医，以免延误病情。
除以上原因外，发烧眼睛疼还可能与眼部外伤、青光眼等因素有关。平时要注意用眼卫生，避免眼部疲劳，一旦出现眼部不适，应及时就医检查和治疗。