巧克力囊肿一般不会自愈。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，其特点是异位的子宫内膜在卵巢内形成囊肿，囊肿内充满陈旧性血液，呈巧克力色，因此得名。由于巧克力囊肿的形成与激素水平变化有关，因此通常不会自行消失。
巧克力囊肿的治疗方法包括药物治疗和手术治疗。药物治疗主要是通过调节患者的激素水平，抑制异位内膜的生长，常用的药物有炔诺酮、孕激素类药物和促性腺激素释放激素类似物等。这些药物应在医生指导下使用，以降低副作用和风险。手术治疗则是通过手术切除囊肿，减轻症状和避免并发症。
对于巧克力囊肿患者，建议及时就医，根据病情选择合适的治疗方法，避免延误病情。