巧克力囊肿一般会影响怀孕。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，由于内膜细胞异位生长在卵巢内，形成含有陈旧性血液的囊肿，可能对卵巢功能造成影响，导致排卵障碍或输卵管粘连，从而影响受孕。
巧克力囊肿对怀孕的影响程度因个体差异而异。轻度的巧克力囊肿可能对怀孕影响较小，但随着囊肿体积增大，对卵巢功能的影响也会增加。常见的药物如甲氨蝶呤等，可以在医生指导下用于缓解症状和控制病情发展，但并不能根治巧克力囊肿。因此，对于有怀孕需求的女性，应在医生指导下进行综合治疗。
对于巧克力囊肿患者，建议及时就医，根据囊肿的大小、位置和症状，制定个性化的治疗方案。同时，保持良好的生活习惯，避免过度劳累，有助于提高受孕成功率。