小便时龟头疼痛可能与生理性因素有关，也可能是由尿道炎、龟头炎、尿路结石等病理性原因引起，需结合具体症状和检查结果综合判断。
1、生理性原因若近期存在频繁自慰、性生活过度或外力挤压龟头等行为，可能造成局部黏膜轻微损伤，导致排尿时出现短暂性疼痛。此类情况通常无其他伴随症状，适当休息后多可自行缓解，日常需注意保持局部清洁。
2、尿道炎细菌感染是常见病因，如大肠杆菌、淋球菌等病原体侵入尿道黏膜，可能引发充血水肿。患者排尿时可能伴随尿道灼热感、尿频、尿道口分泌物增多等症状。临床治疗可遵医嘱使用头孢克肟片、盐酸左氧氟沙星胶囊、阿奇霉素分散片等抗生素控制感染。
3、龟头炎包皮过长或清洁不足易导致真菌或细菌感染，炎症刺激可引发龟头红肿、刺痛，排尿时疼痛加剧。典型表现包括包皮垢增多、表面糜烂或红斑。治疗时需根据病原体类型选择药物，如硝酸咪康唑乳膏用于真菌感染，莫匹罗星软膏适用于细菌感染，必要时可配合高锰酸钾溶液局部冲洗。
4、尿路结石尿道或膀胱结石移动过程中可能划伤黏膜，排尿时结石刺激可引发剧烈疼痛，常伴随血尿、排尿中断等症状。确诊后可通过体外冲击波碎石术或经尿道钬激光碎石术治疗，较小的结石可服用排石颗粒、尿石通丸等药物促进排出。
若排除清洁不当或外力因素后仍存在疼痛，建议及时就诊泌尿外科完善尿常规、尿道拭子培养及超声检查。治疗期间应避免辛辣饮食，每日用温水清洁外生殖器，穿着宽松透气的棉质内裤以减少摩擦刺激。