肾结石能否根治通常需要根据结石的大小、成分以及患者代谢情况等因素综合分析。及时干预的小结石一般可以根治，但存在代谢异常时可能复发。
较小的肾结石通过规范治疗通常可以根治。直径小于6毫米的结石，在医生指导下使用排石颗粒、尿石通丸等药物，配合大量饮水，多数能自然排出。对于6-20毫米的结石，体外冲击波碎石术能有效粉碎结石，术后辅以药物排石治疗，可实现临床治愈。当结石造成尿路梗阻或反复感染时，输尿管镜取石术、经皮肾镜取石术等微创手术能完整清除结石。
部分患者因代谢异常存在复发风险。如甲状旁腺功能亢进患者尿钙持续增高，痛风患者尿酸代谢障碍，先天性肾盂畸形患者尿流动力学异常等情况，即便清除现有结石，仍需长期控制原发病。这类患者需定期监测尿液pH值、血尿酸等指标，及时调整治疗方案。
预防复发是根治的重要环节。每日保持2000-3000ml饮水量可降低尿液中结晶物质浓度，限制高草酸食物摄入能减少草酸钙结石形成，适当增加枸橼酸含量高的柑橘类水果摄入有助于抑制结石生成。建议每3-6个月进行泌尿系超声检查，发现早期结石及时处理。