肛瘘通常需要手术治疗，但少数情况下可暂时采取保守治疗。肛瘘是由于肛腺感染形成瘘管，瘘管的存在导致其难以自行愈合，因此手术是主要的根治方法。
肛瘘一般不能自愈，手术是清除瘘管的关键。肛瘘的瘘管由内口、瘘管和外口组成，感染形成的慢性炎症和纤维化使瘘管无法闭合。药物或保守治疗仅能缓解症状，无法消除瘘管。若长期不处理，可能出现反复感染、脓肿甚至癌变风险。
对于暂时无法耐受手术的患者，可短期采用保守治疗。例如合并严重心肺疾病或凝血功能异常时，医生可能建议使用抗生素控制感染，配合高锰酸钾坐浴缓解症状。但需密切监测病情变化，一旦条件允许仍需手术。
建议确诊肛瘘后尽早到肛肠外科就诊评估。医生会根据瘘管的位置、复杂程度及患者全身情况制定个体化方案。即使暂时保守治疗，也需定期复查瘘管情况，避免延误最佳手术时机。