真菌感染的治疗药物选择需根据感染部位和类型而定，常见药物包括唑类、丙烯胺类、多烯类、棘白菌素类等抗真菌药物，部分中药也具有辅助治疗作用，具体用药需遵医嘱。
1.唑类抗真菌药物唑类药物通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成发挥抗菌作用，临床常用氟康唑、伊曲康唑、酮康唑等。氟康唑适用于念珠菌性阴道炎、口腔念珠菌病等黏膜感染；伊曲康唑对皮肤癣菌和曲霉菌感染效果显著；酮康唑乳膏多用于体癣、股癣等浅表皮肤感染。
2.丙烯胺类药物这类药物通过抑制角鲨烯环氧化酶干扰真菌细胞膜形成，代表药物有特比萘芬、布替萘芬、萘替芬。盐酸特比萘芬片剂适用于甲真菌病和顽固性足癣，布替萘芬乳膏常用于花斑糠疹和皮肤念珠菌病，萘替芬酮康唑乳膏对混合型真菌感染有效。
3.多烯类抗真菌药两性霉素B是治疗深部真菌感染的金标准药物，适用于侵袭性曲霉病、隐球菌性脑膜炎等重症感染。制霉菌素常用于口腔和消化道念珠菌感染，克霉唑阴道片主要治疗外阴阴道假丝酵母菌病。
4.棘白菌素类药物卡泊芬净、米卡芬净等通过抑制β-1,3-D-葡聚糖合成酶破坏真菌细胞壁，主要用于念珠菌性败血症、侵袭性曲霉病等系统性感染，需静脉给药，常见于住院患者抗真菌治疗。
5.中药制剂土槿皮酊剂可用于手足癣局部治疗，黄柏、苦参等中药煎剂外洗具有清热燥湿功效。需注意中药需辨证使用，重症感染仍需联合西药治疗。
治疗期间应保持感染部位清洁干燥，避免搔抓防止继发感染。建议在医生指导下规范用药，根据真菌培养和药敏结果调整治疗方案，深部真菌感染需足疗程治疗。合并糖尿病或免疫缺陷病患者应同时控制基础疾病，治疗期间定期复查肝肾功能。