抗生素药在杀灭或抑制病原菌的同时，也可能对人体产生一定危害。其常见危害主要包括诱发耐药性、导致肠道菌群失调症、增加肝肾负担、引发过敏反应以及引起二重感染等。
1.诱发耐药性长期或频繁使用抗生素可能导致细菌产生耐药性。抗生素在杀灭敏感菌的同时，未被清除的细菌可能通过基因突变或获得耐药基因存活下来。这些耐药菌的繁殖会使同一种抗生素的疗效逐渐降低，甚至完全失效，增加未来治疗的难度。
2.导致肠道菌群失调症抗生素对肠道内的有益菌和有害菌均有抑制作用。当肠道正常菌群平衡被破坏后，可能出现腹胀、腹泻、便秘等消化道症状。部分患者还可能因菌群失调引发维生素K、B族维生素合成减少。
3.增加肝肾负担大部分抗生素需经肝脏代谢、肾脏排泄。长期大剂量使用可能造成肝脏酶升高、肾功能异常，尤其对于本身有肝肾疾病的人群，可能加重器官损伤。
4.引发过敏反应部分人对抗生素中的某些成分存在过敏反应，轻者表现为皮疹、瘙痒，重者可能出现喉头水肿、过敏性休克等危及生命的反应。青霉素类、头孢类药物是较易引发过敏的常见类型。
5.引起二重感染长期使用广谱抗生素可能抑制人体正常菌群，导致白假丝酵母菌等真菌或耐药菌过度繁殖，引发口腔黏膜白斑、阴道炎等继发感染。这种情况多见于免疫力低下或长期住院的患者。
使用抗生素应严格遵循医生指导，避免自行调整剂量或疗程。用药期间需观察是否出现皮疹、腹泻等不良反应，并及时向医生反馈。日常应避免将抗生素作为常规药物滥用，普通感冒等病毒性感染无需使用抗生素治疗。