藿香正气水一般不建议空腹饮用，尤其是含有酒精的制剂，具体服用方式需遵医嘱。该药物含有乙醇，可能对胃肠道产生刺激，而个体胃肠耐受度不同，用药需根据实际情况调整。
藿香正气水属于中成药，其传统剂型常含有40%-50%的乙醇作为溶媒。酒精成分直接接触空腹状态下的胃黏膜，可能引发烧灼感或疼痛，特别是本身存在胃炎、胃溃疡等疾病的患者。部分人群饮用后还可能出现恶心、呕吐等消化道反应，这与酒精刺激胃酸分泌增加有关。
目前市面上已有不含酒精的藿香正气制剂，如口服液、丸剂等改良剂型。对于必须空腹用药的情况，或酒精过敏者，可优先选择这类改良剂型。用药期间需观察是否出现面部潮红、心悸等酒精不耐受症状，特别是儿童、孕妇及肝功能异常者更需谨慎。
服用藿香正气类药物期间，应避免同时使用头孢类抗生素、甲硝唑等可能引起双硫仑样反应的药物。若出现严重胃肠道不适或过敏反应，应立即停药并就医。具体用药方案建议咨询中医师或药师，根据体质特点和病情需要制定个体化给药方案。