肛瘘通常可以通过规范治疗达到临床治愈。多数患者在接受正确的手术治疗和术后护理后，症状能得到有效控制，瘘管可完全闭合，但部分复杂性肛瘘可能因感染反复或治疗不及时导致复发。
肛瘘的治愈率主要与瘘管类型密切相关。单纯性肛瘘因瘘管位置表浅、走行单一，手术能完整清除病灶，术后复发率低于5%。而复杂性肛瘘存在多个瘘管分支或深达括约肌深层，文献显示其复发率可达10-20%。治疗方式直接影响疗效，肛瘘切开术通过开放创面促进愈合，成功率约85%；挂线疗法通过逐渐切割防止肛门失禁，适用于高位肛瘘，有效率超过90%。术后保持创面清洁、按时换药能降低50%以上的感染风险，坐浴可促进局部血液循环，加速愈合进程。
建议确诊后尽早到肛肠专科就诊，通过肛周MRI或超声明确瘘管走向。术后遵医嘱每日使用1:5000高锰酸钾温水坐浴，每次15分钟。治疗期间避免久坐久站，保持大便通畅，腹泻或便秘都可能影响愈合。饮食需注意减少辛辣刺激食物摄入，术后3个月内定期复查有助于及时发现异常。