褪黑素用于失眠可能存在一定的副作用，但多数情况下较轻微且短暂。其安全性通常与使用剂量、周期及个体差异有关，合理使用可降低不良反应风险。
褪黑素属于人体自然分泌的激素，短期小剂量补充可能引发困倦、头晕、恶心等轻微不适，这些症状通常在数小时内自行缓解。部分人群可能出现次日残留嗜睡感，影响日间工作专注度。长期大剂量使用可能干扰自身褪黑素分泌节律，导致内分泌紊乱，并可能增加头痛、抑郁情绪等发生概率。特殊人群如自身免疫性疾病患者、抑郁症患者使用前需严格评估风险，孕妇及哺乳期妇女禁用。与抗凝药、免疫抑制剂联用时可能产生相互作用，需间隔2小时以上服用。
使用褪黑素改善睡眠应遵循短期、小剂量原则，建议连续服用不超过13周。服药期间出现持续心悸、关节疼痛等异常反应应及时停药。慢性失眠患者建议优先进行认知行为治疗，合并焦虑抑郁等情绪障碍时需配合专业心理干预。60岁以上老年患者因自身分泌减少，使用前应检测激素水平，避免盲目补充。