微小病变肾病的严重程度因人而异，大多数患者通过规范治疗可获得较好效果，但部分可能出现复发或并发症。其预后主要与治疗反应、病情控制情况及是否出现并发症有关，需结合个体情况综合评估。
微小病变肾病是肾病综合征常见的病理类型之一，儿童患者约占80%，成人约占10%-15%。该病对激素治疗敏感，约90%的儿童和60%-80%的成人患者在激素治疗后尿蛋白可转阴，这类患者肾功能通常保持稳定，属于相对可控的肾脏疾病。但约有50%患者可能出现复发，其中频繁复发或激素依赖型患者可能进展为慢性肾脏病，需长期药物维持治疗。
若患者合并急性肾损伤、严重感染或血栓栓塞等并发症，病情可能急剧加重。感染是该病最常见的并发症，因大量蛋白尿导致免疫球蛋白丢失，加之激素应用易诱发感染。血栓形成与低蛋白血症引起的血液高凝状态有关，尤其肾静脉血栓可能造成肾功能恶化。这类并发症会显著增加治疗难度和疾病风险。
微小病变肾病的长期预后总体较好，儿童10年生存率超过95%，成人约75%-90%。但需注意反复蛋白漏出可能加速肾小管间质损伤，多次复发者出现肾功能不全的概率增加。建议患者定期复查24小时尿蛋白定量、血清白蛋白及肾功能指标，在医生指导下调整免疫抑制剂用量，同时注意控制血压、预防感染。保持低盐优质蛋白饮食，避免过度劳累有助于病情稳定。