紫薯发芽后一般不建议继续食用。虽然紫薯发芽本身不会产生类似土豆的龙葵素等有毒物质，但发芽过程可能伴随其他变质风险，需根据具体情况判断。
若紫薯仅轻微发芽且未出现霉斑、软烂或异味，可切除发芽部分及周围组织后彻底加热食用。此时紫薯的淀粉会部分转化为可溶性糖，口感可能变差，但不会对人体造成直接伤害。若紫薯同时存在发霉、表皮发黑、切开后内部有褐色斑块或散发酸腐味，则表明已发生腐败变质，可能滋生霉菌毒素，继续食用可能引发腹痛、腹泻等消化道症状。
日常储存紫薯应放置于阴凉通风处，温度建议保持在13-16℃之间，湿度控制在85%-90%。避免冷藏保存，低温会加速紫薯细胞结构破坏导致更快腐坏。若发现紫薯大量发芽或变质，应及时处理避免误食，优先选择外观完整、质地坚硬的新鲜紫薯食用更安全。