药物流产的时间通常为停经49天以内，此时孕囊直径较小且未超过宫腔承受范围，药物作用效果较好。需注意的是，具体时间需结合超声检查结果由医生评估后决定，不可自行用药。
药物流产的时间限制主要与胚胎发育情况有关。孕周超过49天时，胚胎体积增大可能导致药流不全或大出血风险升高。药物流产前必须通过超声检查确认孕囊位置、大小，排除宫外孕等情况。孕囊直径在2厘米以内且符合停经天数时，药物作用能较好促使蜕膜组织坏死脱落。
进行药物流产前需完善血常规、凝血功能、肝肾功能等检查。存在哮喘、青光眼、肾上腺疾病或心血管疾病的患者禁止使用。用药期间应在具备急救条件的医疗机构观察，服用米索前列醇后6小时内孕囊排出率可达90%以上，若出血量超过月经量两倍或持续腹痛需立即处理。
药物流产属于处方医疗行为，必须在正规医院妇科医师监护下进行。用药后第8天、第15天需复查超声确认宫腔残留情况，若存在残留组织超过1.5厘米可能需要清宫手术。流产后应休息2周，避免重体力劳动，1个月内禁止性生活及盆浴，按时复查确保子宫恢复。