灵芝孢子粉的禁忌主要包括过敏体质、围手术期、孕妇及哺乳期女性、儿童以及胃肠功能较弱者等人群需慎用或避免使用，建议在医生指导下服用。
1、过敏体质
灵芝孢子粉含有蛋白质等成分，可能引发过敏反应。部分人群服用后可能出现皮肤瘙痒、红疹、呼吸困难等过敏症状，严重时可能诱发过敏性休克。首次服用者建议先少量尝试，观察有无不适反应。
2、围手术期
灵芝孢子粉可能影响凝血功能，增加术中或术后出血风险。术前2周应停用，且术后伤口未愈合时也需避免服用，以免干扰恢复。服用抗凝药物如华法林钠者需特别注意，可能增强药效导致出血。
3、孕妇及哺乳期女性
目前缺乏足够的研究数据证实其安全性。灵芝孢子粉中的活性成分可能通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿发育，建议妊娠期、哺乳期女性避免使用。
4、儿童
儿童肝肾功能尚未发育完全，代谢能力较弱。随意服用可能加重肝肾负担，甚至引起腹泻、呕吐等消化道反应，12岁以下儿童一般不建议服用。
5、胃肠功能较弱者
灵芝孢子粉富含粗纤维及外壁几丁质，可能刺激胃肠道。消化性溃疡、慢性肠炎患者服用后易出现腹胀、腹痛等症状，建议饭后服用或减少剂量。
服用灵芝孢子粉前应确认自身体质及健康状况，避免与免疫抑制剂、降压药等药物同时使用。若正在治疗疾病或长期服药，需提前咨询医生。日常保存需防潮避光，开封后尽快食用，出现变质立即停用。服用期间出现任何不适，应及时就医检查。