电子鼻咽喉镜检查时一般会有一定不适感，但具体感受因人而异。儿童是否难受主要与年龄、配合度以及操作医生的手法有关，多数情况下不适感在可承受范围内。
检查过程中，电子鼻咽喉镜需要通过鼻腔或口腔进入咽喉部。婴幼儿的鼻咽腔较狭窄，镜体通过时可能产生轻微胀痛或异物感。部分敏感体质的儿童可能出现恶心反射，特别是触及舌根和会厌部位时。随着现代镜体直径的微型化发展，目前常用电子喉镜外径约3.8-4.9毫米，较传统镜体更为纤细。
检查前使用表面麻醉剂（如盐酸利多卡因胶浆）可有效降低黏膜敏感性。配合度较好的学龄期儿童通过深呼吸训练，多数能较好完成检查。临床数据显示，在专业医师规范操作下，约85%的儿童检查后表示仅有轻微不适，通常在检查结束后半小时内缓解。
建议检查前与孩子充分沟通，通过动画视频等方式演示检查过程。选择具有儿童诊疗经验的耳鼻喉科医师操作，检查后两小时内暂缓进食进水。若出现持续鼻腔出血、声嘶或呼吸困难等情况，需及时返院复查。