肠镜检查过程中是否会出现疼痛通常与检查方式有关。普通肠镜在充气或肠镜通过肠道弯曲部位时，部分人可能感到短暂胀痛或牵拉感；无痛肠镜由于使用麻醉药物，受检者一般不会感到明显疼痛。
普通肠镜的检查过程中，医生需要通过内镜向肠道内充气以便观察黏膜情况，充气可能导致腹部胀满感。当肠镜经过结肠的生理弯曲部位如乙状结肠、肝曲、脾曲时，可能因牵拉肠系膜引发短暂疼痛感，多数受检者可以耐受。但存在肠粘连、肠道狭窄或炎症活动期的患者，疼痛感可能较明显。
无痛肠镜采用静脉注射丙泊酚等麻醉药物，可使受检者在睡眠状态下完成检查，整个操作过程无意识且无痛感，这种检查方式特别适用于对疼痛敏感、有肛门括约肌紧张或需要较长时间检查的患者。但需进行麻醉评估，存在严重心肺疾病或麻醉禁忌者不宜选择。
检查前三天应保持低纤维饮食，检查前一晚需按医嘱服用清肠药物排空肠道。检查当天需携带心电图等必要报告，穿着宽松衣物。检查后24小时内避免驾驶或高空作业，特别是接受无痛检查者。选择检查方式时应与医生充分沟通自身健康状况，焦虑情绪较重的患者可提前进行心理疏导。