冲牙器不能代替牙刷使用。冲牙器和牙刷在口腔清洁中各自承担不同的作用，两者配合使用才能达到更好的清洁效果。
冲牙器主要通过高压水流冲击牙缝、牙龈沟等难以触及的部位，帮助清除食物残渣和部分软垢。但其水流无法有效去除牙齿表面的牙菌斑，而牙菌斑是导致龋齿和牙周病的主要因素。牙刷通过物理摩擦能有效破坏牙菌斑生物膜结构，这是冲牙器无法实现的机械清洁作用。对于佩戴正畸托槽或种植牙的患者，冲牙器可作为辅助清洁工具，但仍需配合牙刷清洁托槽周围和种植体表面。
正确口腔清洁应遵循"牙刷为主，冲牙器为辅"的原则。建议每天使用含氟牙膏刷牙两次，每次不少于两分钟，着重清洁牙龈缘和牙面。冲牙器可在餐后或正畸治疗期间辅助使用，但不可替代刷牙。同时要定期更换牙刷头，每3个月更换一次，避免刷毛变形影响清洁效果。