柠檬水通常可以选择在早晨起床后、餐后以及运动后等时间段饮用，但需注意适量。其酸性成分可能对牙齿或胃肠产生刺激，饮用时需根据自身情况调整。
饮用柠檬水的时间选择可结合个人需求与身体状况。早晨空腹饮用柠檬水有助于促进消化液分泌，帮助唤醒肠胃功能，但胃酸过多者应谨慎。餐后饮用则能辅助食物消化，减轻油腻感，但不宜过量以免刺激胃黏膜。运动后适量饮用柠檬水可补充水分及电解质，其中含有的钾元素有助于维持体液平衡。
日常饮用柠檬水需注意浓度不宜过高，建议将新鲜柠檬汁稀释后饮用。胃溃疡、反流性食管炎等胃部疾病患者应避免空腹饮用，牙齿敏感者可用吸管饮用减少接触。若饮用后出现胃痛等不适，应及时停止并就医咨询。