木耳泡久了可能产生有毒物质，一般不建议长时间浸泡。若在高温潮湿环境下浸泡超过8小时，细菌滋生风险较高，可能产生椰毒假单胞菌及其毒素米酵菌酸，食用后易引发中毒。
泡发木耳时若环境温度较高或浸泡时间过长，椰毒假单胞菌容易大量繁殖。这类细菌代谢产生的米酵菌酸具有耐高温特性，常规烹饪无法破坏其毒性。中毒症状常表现为恶心呕吐、腹痛腹泻，严重时可导致肝肾功能衰竭甚至死亡。
正确泡发木耳应使用干净容器，用冷水浸泡2-4小时。夏季高温季节建议在冰箱冷藏室进行泡发，总时长控制在6小时以内。泡发后的木耳若出现黏腻感、异味或颜色异常，应立即丢弃不可食用。
泡发后的木耳建议当天食用完毕，未使用部分需沥干水分密封冷藏。若误食变质木耳出现不适症状，应立即催吐并携带剩余食物及时就医。日常存放干木耳需注意密封防潮，置于阴凉通风处保存。