间充质干细胞作为一类多能干细胞，具有自我更新和多向分化的潜能，在医学领域应用广泛。其作用主要包括促进组织修复、调节免疫功能、抑制炎症反应、促进血管生成以及支持造血功能等。
1、促进组织修复间充质干细胞可分化为成骨细胞、软骨细胞、脂肪细胞等多种类型细胞，在骨组织损伤、软骨缺损等疾病中能迁移至受损部位，通过分化和分泌细胞外基质参与修复过程。例如在骨关节炎治疗中，其可通过分化为软骨细胞帮助修复关节软骨。
2、调节免疫功能这类干细胞能通过分泌前列腺素E2、转化生长因子-β等细胞因子，抑制T淋巴细胞过度增殖，调节Th1/Th2细胞平衡。在移植物抗宿主病、系统性红斑狼疮等免疫相关疾病中表现出双向免疫调节作用。
3、抑制炎症反应通过下调肿瘤坏死因子-α、白细胞介素-1β等促炎因子表达，同时上调白细胞介素-10等抗炎因子分泌，在急性肺损伤、肠炎等炎症性疾病中可减轻组织炎症损伤。实验显示其能通过TLR4/NF-κB信号通路调控炎症反应。
4、促进血管生成分泌血管内皮生长因子、碱性成纤维细胞生长因子等血管生成相关因子，通过激活PI3K/AKT信号通路促进内皮细胞增殖迁移，在心肌梗死、下肢缺血等血管再生治疗中具有重要作用。
5、支持造血功能作为骨髓微环境的重要组成，通过分泌干细胞因子、基质细胞衍生因子-1等支持造血干细胞存活与增殖。在造血干细胞移植中可促进造血重建，缩短中性粒细胞和血小板恢复时间。
需要注意的是，间充质干细胞治疗需在具备细胞治疗资质的医疗机构开展，治疗前应进行严格的质量检测和配型评估。目前该疗法仍处于临床研究阶段，患者应避免轻信非正规机构的治疗宣传，接受治疗时需充分了解潜在风险并签署知情同意书。