百日咳的传染期通常为发病后3周左右，若未及时治疗可能延长至6周，但使用抗生素后可缩短至5天左右。具体传染时间与病情进展及治疗情况有关，建议患者及密切接触者尽早就医。
百日咳的传染性在卡他期和痉咳期最强。卡他期表现为类似感冒的流涕、低热等症状，此时已具备传染性；痉咳期出现阵发性痉挛性咳嗽伴鸡鸣样回声，此阶段患者呼吸道分泌物中含有大量病原体，易通过飞沫传播。若无有效治疗，患者从发病开始至痉咳症状出现后3周均可能传染他人，总时长约6周。若及时使用阿奇霉素、红霉素等大环内酯类抗生素规范治疗，传染期可缩短至用药后5天。
患者确诊后应严格隔离至有效抗菌治疗结束后5天，或自痉咳期开始计算满3周。未接受治疗的疑似病例需隔离满痉咳期后3周。家庭成员中未完成疫苗接种的婴幼儿、孕妇等高危人群应避免接触患者。若密切接触者出现咳嗽症状，需及时进行百日咳核酸检测以明确感染状态。