石菖蒲作为中药材，常规使用下毒性较低，但其根茎中含有挥发油类成分，可能对部分人群产生不良反应。正确使用时应严格遵循医嘱，避免过量或长期服用，以降低潜在风险。
石菖蒲的毒性与其所含的化学成分有关。其根茎中主要含有细辛醚、β-细辛醚等挥发油成分，这些物质在高浓度时可能对神经系统产生抑制作用。动物实验显示，超大剂量给药可引发震颤、抽搐等毒性反应，但在常规药用剂量范围内，经过炮制加工和合理配伍后，其毒性作用显著降低。
需注意个体对药物敏感度的差异，部分人群可能出现皮肤瘙痒、恶心等过敏反应。临床使用时常与茯苓、远志等药材配伍，既能增强安神益智功效，又可相互制约降低毒性。孕妇、肝功能异常者应慎用，使用过程中如出现口唇麻木、心悸等异常症状需立即停药就医。