直接吃柠檬可能会对口腔、牙齿以及胃肠道造成一定刺激，但适量食用通常不会产生严重危害。过量食用或特殊人群食用后可能引起不适，需根据自身情况调整摄入量。
柠檬含有大量柠檬酸和抗坏血酸，其pH值较低，具有较强的酸性。过量食用可能刺激口腔黏膜和牙齿表面，导致牙釉质脱矿软化，长期可能引发牙齿敏感。对于胃酸分泌过多或胃食管反流患者，直接食用可能加重反酸、烧心等症状。柠檬中的呋喃香豆素成分可能增加光敏反应风险，皮肤敏感者日晒后易出现红斑。
日常食用柠檬建议每日不超过200克，可将柠檬切片泡水稀释酸性。食用后及时用清水漱口，半小时后再刷牙以避免损伤牙釉质。胃病患者可将柠檬与蜂蜜调和饮用，或选择餐后食用减少刺激。若出现持续胃痛、口腔溃疡等不适，建议及时就医检查。