自身免疫性脑炎LGI1型在多数情况下通过规范治疗可以改善症状，部分患者可能达到长期缓解甚至临床治愈的效果，但具体预后因人而异。治疗效果与病情严重程度、治疗时机及个体差异密切相关。
早期诊断和治疗是改善预后的关键因素。若在发病初期及时使用免疫治疗，如糖皮质激素、免疫球蛋白或血浆置换，多数患者的神经功能缺损症状能得到有效控制。部分患者经过数月至数年的规范治疗后，血清LGI1抗体水平可逐渐下降甚至转阴。对于未合并恶性肿瘤且对免疫治疗反应良好的患者，存在完全康复的可能性。
部分患者可能出现不同程度的认知障碍、癫痫发作等后遗症，这与海马区受累程度相关。约20%-30%患者可能出现复发，多发生在减停免疫抑制剂过程中。治疗需持续监测抗体滴度，维持免疫治疗至少12-24个月有助于降低复发风险。建议患者在神经科医生指导下规范用药，定期进行神经心理评估和抗体检测，避免自行调整治疗方案。