艾草杆具有一定的药用价值，在中医理论中通常具有温经散寒、祛湿止痛、活血通络、驱虫杀菌以及安胎等功效和作用。其药用部位多采用干燥茎叶，杆部常与其他药材配伍使用。
1、温经散寒
艾草杆性温味辛，归肝、脾、肾经，其有效成分能促进气血运行，改善寒凝血瘀引起的痛经、小腹冷痛等症状，常用于艾灸疗法。
2、祛湿止痛
艾草杆含有挥发油及黄酮类物质，具有抗炎作用，可缓解关节湿痹疼痛，对风湿性关节炎等疾病有一定辅助治疗效果。
3、活血通络
煎煮后外用泡洗能扩张局部毛细血管，改善末梢循环，适用于冻疮、肢体麻木等气血运行不畅的情况。
4、驱虫杀菌
艾草杆燃烧产生的烟雾对多种致病菌有抑制作用，其含有的桉油精等成分可驱赶蚊虫，常用于居室环境消毒。
5、安胎
在中医辨证施治中，艾草杆配伍其他药物可调理冲任，缓解孕妇胞宫虚寒导致的胎动不安，但需严格遵医嘱使用。
使用艾草杆前建议咨询中医师进行体质辨识，避免阴虚血热者误用加重症状。日常艾灸时应控制熏烤距离，防止皮肤灼伤。孕妇使用需在专业医师指导下进行，不可自行盲目用药。