男性生殖器短小可能是先天性发育异常、激素水平异常、肥胖或隐匿阴茎等原因引起的，需根据具体原因进行针对性处理。具体分析如下：
1、先天性发育异常部分男性存在先天性小阴茎，可能与遗传因素、胚胎期发育异常有关。临床表现为阴茎长度明显低于同龄人正常范围，且可能伴随尿道下裂等畸形。对于确诊为小阴茎的患者，可在医生指导下使用十一酸睾酮胶丸、丙酸睾酮注射液等雄激素类药物促进发育。
2、激素水平异常青春期前若存在促性腺激素分泌不足、雄激素水平低下等情况，可能导致阴茎发育不良。此类患者需通过血液检查明确激素水平，遵医嘱使用人绒毛膜促性腺激素注射液、甲磺酸溴隐亭片等药物调节内分泌功能。
3、肥胖过度肥胖会导致下腹部脂肪堆积，使阴茎部分埋藏于皮下组织，视觉上显得短小。建议通过控制饮食、增加运动等方式减轻体重，通常体脂率下降后阴茎显露长度可有所改善。
4、隐匿阴茎由于阴茎皮肤附着异常或肉膜发育不良，导致阴茎体部分或全部埋藏于皮下。此类情况可能伴随排尿困难，需通过阴茎延长术、隐匿阴茎矫正术等外科手术进行解剖结构修复。
日常需注意避免过度焦虑，成年男性阴茎在疲软状态下长度大于4厘米即可完成正常生理功能。若自觉阴茎短小且影响生活质量，建议至正规医院泌尿外科或内分泌科就诊，通过体格检查、激素检测和影像学评估明确原因，避免自行服用激素类药物引发副作用。