百日咳的病程通常需要6到10周，但具体恢复时间因人而异，尤其是婴幼儿和免疫力低下者可能恢复较慢。病程进展可分为卡他期、痉咳期和恢复期三个阶段，不同阶段的症状表现和持续时间存在差异。
百日咳的卡他期通常持续1到2周，表现为类似普通感冒的流涕、低热等症状。随后进入痉咳期，此阶段特征性的阵发性痉挛性咳嗽可持续2到6周，发作时可能出现鸡鸣样吸气回声。恢复期咳嗽频率和强度逐渐减弱，通常需要2到3周时间。婴幼儿患者由于气道发育不完善，可能合并呼吸暂停、肺炎等并发症，病程可能延长至3个月以上。及时使用阿奇霉素、红霉素等抗生素治疗可缩短传染期，但需在发病早期（卡他期）使用效果最佳。对症治疗可采用雾化吸入、止咳化痰药物等缓解症状。
建议确诊百日咳后尽早就医规范治疗，严格按医嘱完成抗生素疗程。保持室内空气流通，避免刺激性气味诱发咳嗽。咳嗽发作时可采取侧卧位防止误吸，婴幼儿需密切观察呼吸状态。接种百白破疫苗是预防百日咳最有效的方式，接触患者后可遵医嘱进行药物预防。治疗期间应注意隔离措施，避免疾病传播。