精子正常率3%是否正常需要根据检测时采用的评估标准判断。世界卫生组织第五版手册将正常形态精子率的参考值下限设定为4%，若依据此标准则属于异常。但部分实验室采用更严格的评估体系，正常形态精子率可能低于4%，此时3%可能属于正常范围。
精子形态学分析结果受检测方法和评估标准影响较大。不同实验室可能使用不同的染色技术或形态学评估标准，例如克鲁格严格形态学评估体系下，正常精子比例通常较低。因此单次检测结果异常需要结合实验室提供的参考范围综合判断。
若检测结果显示精子正常率低于参考值下限，可能与生殖系统感染、精索静脉曲张、激素紊乱等因素有关。建议到生殖医学专科完善精浆生化、生殖激素检测及阴囊超声检查等检查。日常生活中需避免高温环境、吸烟酗酒等损害精子质量的因素。
具体检测结果的临床意义应由生殖专科医生结合精液量、精子浓度、活力等其他参数进行综合评估。必要时可间隔2-3周复查精液分析，避免因检测误差或生理波动影响诊断准确性。