电子鼻镜检查一般不会造成明显痛苦，但具体体验可能因个人耐受度而异。检查过程中可能出现轻微不适感，多数患者能够顺利完成检查。
电子鼻镜的镜体直径通常为3-5毫米，相较于传统鼻镜更为纤细。医生在操作时会使用表面麻醉剂对鼻腔进行局部麻醉，有助于减轻检查时的不适。对于鼻腔结构正常且配合良好的患者，检查过程可能仅表现为异物感或轻微酸胀感。但若存在鼻中隔偏曲、鼻腔狭窄或急性炎症时，接触镜体可能引起暂时性疼痛。
检查过程中的感受差异主要与三个因素相关：医生操作手法是否轻柔、患者鼻腔解剖结构是否正常、个体疼痛阈值高低。儿童或精神紧张者可能因不自主移动而增加检查难度，此时医生可能建议采取镇静措施。检查后可能出现短暂鼻腔干燥或少量出血，通常24小时内可自行缓解。
建议检查前向医生详细说明鼻腔手术史、出血性疾病史等特殊情况。检查过程中保持平稳呼吸，避免突然移动头部。若既往有晕厥史或严重焦虑情绪，可提前告知医护人员以便采取相应措施。完成检查后1小时内避免用力擤鼻，出现持续出血或剧烈疼痛应及时返院处理。