蜜百部作为中药材，其副作用主要涉及消化系统、过敏反应、肝肾负担等方面。使用不当或过量时可能引发不适症状，需在专业医师指导下合理应用。
蜜百部可能刺激胃肠黏膜引发恶心、呕吐或腹部隐痛等症状，尤其空腹使用时更易发生。其含有的生物碱成分可能干扰消化酶活性，敏感人群可能出现食欲减退或腹泻。煎煮时间不足或配伍不当会加重消化道刺激。
部分人群接触蜜百部可能出现皮肤瘙痒、红斑或丘疹等过敏反应。体质特异者可能发生喉头水肿或呼吸急促等严重过敏症状，这种情况需立即停用并就医处理。过敏体质患者初次使用建议进行皮肤敏感测试。
长期大剂量使用可能加重肝肾代谢负担，特别是原有肝肾功能不全者。临床表现可能包括尿色加深、乏力或转氨酶升高等。建议连续使用不超过2周，必要时监测肝肾功能指标。儿童及老年人因代谢能力较弱需特别注意剂量控制。
使用蜜百部期间应避免与中枢神经抑制剂联用，可能增强镇静效果。与抗凝药物同服可能影响血小板功能，增加出血风险。建议与其他药物间隔1-2小时服用，特殊用药情况需告知医师。
出现不良反应应立即停药观察，持续性症状需及时就医。储存时注意防潮防蛀，避免药材变质产生额外毒性。妊娠期妇女及婴幼儿使用前必须咨询中医师。