杞菊地黄丸作为中成药，通常副作用较少，但部分人群可能出现胃肠不适、过敏反应等不良反应。由于个体差异，用药期间需密切观察身体反应，必要时及时停药并就医。
杞菊地黄丸主要用于肝肾阴虚引起的头晕目眩、视物昏花等症状，其成分相对温和。但少数患者服药后可能出现恶心、腹胀、食欲减退等胃肠道反应，可能与药物滋腻碍胃的特性有关。过敏体质者可能对其中某些中药成分产生皮疹、瘙痒等过敏表现。此外，长期服用或超剂量使用可能加重肝肾代谢负担，特别是本身存在肝肾功能异常者需谨慎。
服用杞菊地黄丸期间应注意饮食清淡，避免辛辣油腻食物影响药效。服药两周后症状无改善应停用，慢性病患者需在中医师指导下辨证使用。孕妇、哺乳期妇女及儿童等特殊人群用药前应咨询专业医师，确保用药安全性和有效性。