百日咳的自然病程通常需要6~10周，但具体恢复时间因人而异。该疾病分为卡他期、痉咳期和恢复期三个阶段，婴幼儿及未及时治疗者病程可能延长至2~3个月。病情的严重程度、是否规范治疗以及患者年龄等因素都会影响康复速度。
百日咳杆菌感染后，病程发展具有明显阶段性特征。卡他期持续1~2周，主要表现为类似感冒的咳嗽、流涕症状。痉咳期通常持续2~6周，特征性表现为阵发性痉挛性咳嗽伴鸡鸣样回声。恢复期约需2~3周，咳嗽频率和强度逐渐减弱。新生儿及3个月以下婴儿因免疫系统不完善，可能进展为重症肺炎或脑病，需要更长时间恢复。
及时规范治疗可有效缩短病程。早期使用大环内酯类抗生素如阿奇霉素干混悬剂、罗红霉素胶囊、克拉霉素片等药物，能有效抑制病原体传播。对于已进入痉咳期的患者，雾化吸入糖皮质激素可减轻气道炎症。建议确诊后尽早就医，完成全程疫苗接种可显著降低感染风险。家庭成员出现咳嗽症状时应做好呼吸道隔离，保持室内空气流通。