巧克力囊肿的严重程度因人而异，需根据具体情况综合判断。多数情况下，该疾病虽属于良性病变，但可能引起不适症状或影响生育能力，需积极干预治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢形成的病变，其严重性主要与囊肿大小、位置及并发症相关。若囊肿较小且未引起明显症状时，通常通过药物控制即可。但当囊肿直径超过5厘米时，卵巢组织受压可能导致月经紊乱、慢性盆腔痛等症状加重。囊肿破裂引发的急腹症属于妇科急症，可能造成腹腔内出血和剧烈腹痛，需紧急手术治疗。
部分患者可能出现进行性加重的痛经，疼痛程度可能影响正常生活和工作。此外，异位内膜产生的炎性反应可能造成盆腔粘连，导致输卵管功能异常。据统计，30%-50%的子宫内膜异位症患者可能合并不孕，这与卵巢功能受损和盆腔微环境改变密切相关。
建议确诊后定期进行妇科检查和超声监测。治疗方式需根据年龄、生育需求等情况选择，年轻有生育要求者可行囊肿剥除术，围绝经期患者可考虑卵巢切除术。日常需注意经期卫生，避免剧烈运动导致囊肿破裂。若出现突发性下腹痛或月经异常，应及时至妇科就诊评估病情。