益生菌通常建议饭后服用。这是因为饭后胃酸分泌减少，胃内pH值升高，有利于益生菌在肠道内定植和发挥作用。此外，饭后食物残渣可以为益生菌提供营养，促进其生长繁殖。
益生菌空腹服用可能会被胃酸杀死，影响其活性和效果。而且空腹时胃内pH值较低，不利于益生菌存活。所以一般建议饭后半小时左右服用益生菌，此时胃内pH值相对较高，有利于益生菌顺利通过胃酸屏障，到达肠道发挥作用。
益生菌虽好，但并非人人适用。有严重免疫缺陷或胃肠道疾病的患者，应在医生指导下服用。日常饮食中可适当增加富含益生元的食物，如全谷物、蔬菜等，有助于益生菌生长。如有不适，应及时就医，遵医嘱用药。